新型冠狀病毒也可能變異。新型冠狀病毒肺炎來自冠狀病毒，冠狀病毒已有50多種，能夠感染人類的加上新型冠狀病毒感染一共7種，以前6種包括了2003年SARS及2012年出現中東的MERS，即中東呼吸綜合征，故冠狀病毒屬于容易變異的病毒，一旦冠狀病毒繼續變異，曾患過冠狀病毒肺炎患者可能無抵抗力。其類似流感，每年可能有不同流感毒株，感染過流感后，第二年依舊可能患流感。新型冠狀病毒肺炎也可能繼續變異，使得已產生的抗體失效，但出現大變異概率較低。因此，疫苗研發時需考慮病毒變異概率，研發出一種可保證病毒輕微變異后仍然有效的疫苗。根據目前對新型冠狀病毒肺炎研究，還未發現有明顯的變異。