超聲胃鏡首先檢查的一類病就是胃腸以及食道的隆起性病變，常見的有來源于基層的間質瘤、平滑肌瘤；來源于黏膜下層的囊腫；異位胰腺；來源于黏膜層的癌腫或者息肉等隆起性病變。其次還可以應用于膽胰系統的疾病，比如膽總管下段的結石、膽總管下段的癌、胰腺的胰島細胞瘤、胰腺癌等胰腺的各種腫瘤，以及十二指腸乳頭的腺瘤、十二指腸乳頭癌等都可以通過超聲胃鏡來進行診斷。部分沒有辦法確診的病變，可以通過超聲胃鏡來進行活檢確診。 還有部分腫瘤或者復發的淋巴結，在多次治療之后，比如手術或者消融之后復發，比如肝尾狀葉的腫瘤、腹膜后的淋巴結以及肝門區的腫瘤，這時都可以用超聲胃鏡引導下消融治療。對于晚期癌腫的病人，比如晚期胰腺癌會侵犯腹膜后的神經，病人會出現頑固持久性的疼痛。這時可以用超聲胃鏡來引導進行腹腔神經節的阻滯，可以緩解患者的疼痛。另外，還有超聲胃鏡引導下的胰腺假性囊腫引流等。