單純室間隔缺損修復手術是一個比較安全的手術，患者或患兒家長不需要過于擔心。小兒室間隔缺損現在死亡率只有1%；大齡患兒或成人合并單純室間隔缺損，目前在大的醫療中心，手術死亡率已經接近為零。 合并有其它心臟解剖畸形的室間隔缺損屬于復雜先天性心臟病，這一類患者手術風險會提高，據報道手術風險可以高到5%，甚至10%，需根據具體解剖畸形而定。