頭頂有塊骨頭凹陷的常見原因如下：1、嬰幼兒時期：可能是因為囟門沒有閉合所致。一般嬰幼兒存在前囟門和后囟門，一定的年齡段會發生閉合，較小的時候屬于正常的生理結構，無需擔心；2、成年人：由于外傷導致局部骨頭凹陷，可能存在局部骨折。如果凹陷的程度不大，在1cm以內，也不必特殊處理，一般能夠自愈。經過2-3個月的調養，不會引發比較嚴重的情況。如果不是因為外傷導致，需觀察是否存在代謝性因素或缺乏某種物質，比如缺乏維生素D，可導致鈣質無法正常沉積。骨瘤導致骨破壞也可引起局部凹陷。因此，此類患者要到醫院進行就診，鑒別是由于何種原因導致，從而進行相應的處理。