頭頂骨頭凹陷的原因，主要包括以下幾種：1、生理性因素：部分患者在先天發育過程中出現顱骨愈合不良或由于受到阻礙而形成顱骨局部凹陷，在生長過程中癥狀可能會愈發明顯，但不會在短時間內發生明顯變化；2、病理性因素：如感染引起顱骨骨髓炎，可能會造成顱骨局部破壞，即可導致顱骨凹陷。對于原發性顱骨骨髓瘤及繼發性顱骨轉移瘤的患者，由于腫瘤組織造成局部骨質的明顯破壞而被軟組織的腫瘤所替代，可以造成患者的顱頂局部凹陷，有時也會形成局部隆起且在觸壓時有質韌感，可能會引起局部疼痛。另外，顱骨嗜酸性肉芽腫也可以引起顱骨局部破壞，患者會出現明顯壓痛以及顱骨嗜酸性粒細胞增高。而患者存在顱骨腦膜靜脈竇的情況下，在長期沖擊下也會形成顱骨凹陷，觸之局部柔軟。