膽汁反流性胃炎的發生，主要是由于部分患者幽門功能失常，處于持續開放狀態，或十二指腸動力發生異常，出現逆蠕動。因此在這兩種因素作用下，導致十二指腸的內容物有一部分經過幽門反流至胃腔內。十二指腸內容物當中含有膽汁成分，膽汁內有膽鹽以及膽汁酸，可能會造成胃黏膜出現充血、水腫、糜爛等嚴重性相關的改變，因此在這些膽汁的有害物質的作用下，就會造成黏膜的損傷，進而引起患者在臨床上出現相關上消化道癥狀，比如出現上腹部隱痛、脹滿、不適感覺，或者是出現噯氣、不想吃東西、口苦消化不良癥狀。針對這樣的發病機制，往往會使用一些促動力藥物，比如多潘立酮、莫沙必利等治療減少反流發生，同時也可以使用鋁碳酸鎂，或者熊去氧膽酸等藥物，吸附或者減少反流上來的膽汁內的有害成分對胃黏膜損害。