手掌皮膚的透明小疙瘩的主要原因如下：1、手掌汗皰疹：汗皰疹的原因尚不明確，為常發生于手掌和腳掌的皮膚病。每年一般復發2次，每次持續1-2個月，多發生在年輕人，皮膚損害主要表現為透明的小水皰。但是水皰臨床表現為比較硬，通常不容易破，隨時間的推移，可以自行干枯和脫皮。患者可以沒有自覺癥狀，可能與精神緊張、出汗異常或者特殊職業等有關；2、手部濕疹：對于手掌上出現透明的小水皰或小疙瘩，臨床上還可見發生在手掌部位的濕疹。手部濕疹由于手部皮膚經常出汗，導致汗水刺激或者手部皮膚經常接觸熱水、香皂、洗衣粉、洗滌靈以及各種化學試劑等刺激，而導致手部的皮膚過敏。皮膚損害可以表現為透明的小水皰，患者常伴有瘙癢，真菌檢查為陰性；3、真菌感染：手掌皮膚的真菌感染導致手癬，手癬的皮膚損害早期也可以出現透明的小水皰。因此患者手掌出現透明的小水皰或小疙瘩的皮膚損害，應該到正規醫院的皮膚科，由皮膚科醫生詳細檢查，配合相關的化驗檢查，明確診斷和原因。