長期肝源性腹瀉主要是因為慢性肝病影響膽汁酸生成、分泌，另外是肝硬化門靜脈高壓導致小腸黏膜淤血、水腫。以上兩方面因素均可影響食物中脂肪成分在小腸乳化和吸收，從而可導致脂肪瀉。慢性肝病患者有比較特殊情況，即腸道菌群失調則有害菌異常增多會導致腹瀉。 肝源性腹瀉治療首先要進行保肝治療，即改善肝功能，建議低脂飲食每天<40g、降低門靜脈壓力、補充維生素、服用益生菌。以上方面對肝源性腹瀉有一定治療作用。