寶寶發燒39℃的治療辦法如下：1、對癥治療：對癥治療就是應用退燒的藥物，可以給寶寶應用對乙酰氨基酚或者是布洛芬這一類的退燒藥，這種藥物應用大約都是0.5-1小時開始起效，1-2個小時以后會出現明顯的退燒作用，同時讓寶寶多喝溫水，出汗以后就會有明顯的退燒效果。另外在應用退燒藥的同時，也可以給寶寶進行物理降溫，如果寶寶能接受的情況下，可以給寶寶洗溫水澡，或者是用溫毛巾濕敷腋下、腹股溝等大血管走行的部位，能夠帶走皮膚表面的熱量，可以起到輔助退燒的作用。當然應用退燒藥和物理降溫，都只是對癥治療的一種辦法，由于寶寶發燒的病因沒有解除，即使退燒了以后，仍然會出現發燒的反復；2、對因治療：在兒童引起發燒最常見的原因還是感染導致的，可以是病毒、細菌，或者是支原體，或者是其他的病原微生物的感染，感染也可以在呼吸道、消化道、泌尿系統、神經系統等，要密切監察寶寶的臨床癥狀。有沒有上述的系統的癥狀，比如出現咳嗽、有腹瀉，有尿頻、尿急，有精神萎靡、嗜睡抽搐等癥狀，應當及時到醫院，讓醫生查體并完善相關的檢查，以判斷炎癥的部位以及炎癥的性質，并針對炎癥，來選擇合理的應用的藥物來進行治療。比如針對病毒，如果是流感，可以選用奧司他韋，如果是細菌感染引起的，可以應用敏感的抗生素來進行治療。這些針對病因治療，都可以改善發燒的癥狀，最后使寶寶的疾病痊愈。還有一些寶寶發燒是由其他原因引起的，比如說免疫系統疾病，要根據寶寶是否有免疫系統疾病的特點，比如有皮疹、關節腫痛、肝脾淋巴結的腫大等，應用抗生素效果不佳等情況，完善相關的免疫系統的檢查，就能夠明確是不是這一類的疾病，來針對這類的疾病應用一些藥物治療，才能最終達到退燒的目的。