男性早上起來腎疼的可能原因包括：

1. 腎盂腎炎：這是由于病原微生物感染腎臟，引發(fā)腎炎。炎癥刺激腎臟部位，可能會導致早上起來腎痛，并伴有尿頻、尿痛、惡心等癥狀。
2. 腎結石：腎結石可能是由于飲食因素、代謝異常等原因，導致尿液在腎區(qū)析出結晶，形成腎結石。腎結石在腎區(qū)活動可能會導致腎臟黏膜損傷，從而出現(xiàn)早上起來腎痛的癥狀，并伴有血尿、嘔吐、腹脹等癥狀。
3. 腎臟腫瘤：如果存在腎臟腫瘤，腫瘤細胞可能會侵犯腎臟健康黏膜組織，導致腎痛，并伴有血尿、腰痛等現(xiàn)象。
4. 腰肌勞損：如果白天有過重體力勞動，可能會導致腰肌勞損，誤認為是腎區(qū)的疼痛。

需要進一步檢查確診，比如尿常規(guī)檢查、泌尿系統(tǒng)B超檢查、腎臟的CT檢查等。請注意，以上內容僅做參考，具體的病因和治療方法會因個體情況而有所不同。如果早上起來出現(xiàn)腎疼的癥狀，建議及時就醫(yī)，接受專業(yè)醫(yī)生的建議和治療。