1、新鮮木耳不宜直接食用
鮮木耳中含有一種卟啉類光感物質，這種物質對光線十分敏感。人在食用鮮木耳后，卟啉類光感物質會隨血液循環分布到人體表皮細胞中，受陽光照射后會誘發日光性皮炎，引起皮膚瘙癢、紅腫、疼痛，暴露部位會出現鮮紅色丘疹和水皰，嚴重時可導致皮膚壞死。
此外，這種有毒物質還容易被咽喉黏膜吸收，導致咽喉水腫、流涕、流淚、全身乏力及唿吸困難等癥狀。建議剛買回來的鮮木耳應先放在陽光下曝曬一段時間，烹飪前再用清水浸泡一會兒，這樣其中所含的卟啉類物質就會被破壞掉，食用后也不會出現不良癥狀了。
2、泡發過久的黑木耳不宜食用
夏季炎熱，木耳變質的速度非常快。當發泡時間超過8小時，變質所導致的細菌量將達到原來的數倍至幾十倍，就會生成毒素。發泡木耳最好用熱開水，熱水會縮短發泡時間，減少木耳被細菌污染的機會。做菜的時候，用這個方法只需3～4個小時就可將木耳發泡好。
3、黑木耳一定要煮熟才能吃
黑木耳中有一種叫嘌呤核苷的物質，稱為黑木耳多糖。它有很強的抗凝血活性、抗血小板聚集及抗血栓的作用。
需注意的是，黑木耳經過高溫烹煮后，才能提高膳食纖維及黑木耳多糖的溶解度，有助于吸收利用，所以黑木耳一定要煮熟，不要泡水發起后就直接食用。
別外，在食用黑木耳時，一定要細嚼慢咽，這樣吃腸胃易吸收、易消化，特別是腸胃功能差的中老年人，更要細嚼慢咽，因為未嚼爛的木耳入腹后體積會繼續膨脹，眾多的木耳無法通過回盲瓣，易形成了急性腸梗阻。
4、不宜和黑木耳搭的食物不要一起吃
孕婦不宜多吃。木耳不宜與田螺同食，從食物藥性來說，寒性的田螺，遇上滑利的木耳，不利于消化，所以二者不宜同食。
患有痔瘡者木耳與野雞不宜同食，野雞有小毒，二者同食易誘發痔瘡出血。木耳不宜與野鴨同食，野鴨味甘性涼，同時易消化不良。
5、腦出血患者、出血性中風患者要慎用
由于黑木耳的抗凝血作用，一旦發生腦出血后要慎用，尤其是在腦出血發病后的前3個月里更要注意，即使腦出血康復后，也不能大量食用。雖然黑木耳對防治冠心病、動脈血管硬化、心腦血管病頗為有益。
但出血性中風患者由于凝血功能較差，要慎食。特別要注意，已有高血壓、高血脂、高血糖等三高困擾的人，食用黑木耳的風險較高。另外，建議手術及拔牙前后，避免大量吃黑木耳，咯血、便血、鼻出血等患者也不宜食用。黑木耳的潤腸利便作用也不適合腹瀉體質者過多食用。
6、血脂異常的人要注意食用量
血脂異常的人，常吃木耳能起到食療的作用，但只能作為藥物治療外的輔助手段，每周吃2～3次即可。
