巧克力囊腫患者應該及時到醫院婦科就診，在醫生指導下選擇合適的藥物進行治療，其常用藥物包括非甾體類抗炎藥和激素類藥物。
一、非甾體類抗炎藥。這是一類具有抗炎、解熱、鎮痛作用的藥物，可以用于緩解病變引起的輕微腹痛或痛經，但并不能阻止病情的發展。常用藥物有布洛芬、對乙酰氨基酚、吲哚美辛等。
二、激素類藥物。1、孕激素。常用藥物有醋酸甲羥孕酮、甲地孕酮、炔諾酮以及地諾孕素等，輔以小劑量的雌激素，可以治療早期的巧克力囊腫。2、口服避孕藥。常用低劑量高效孕激素和炔雌醇復合制劑。通過長時間服用這類藥物，可以造成類似妊娠的人工閉經，主要適用于病灶較小且痛經嚴重的患者。3、促性腺激素釋放激素激動劑(GnRH-a)。常用藥物有亮丙瑞林、戈舍瑞林。該類藥物可以使卵巢激素水平明顯下降，出現暫時性閉經。4、孕激素拮抗劑。常用藥物有米非司酮等，可以使異位的子宮內膜萎縮，從而達到治療巧克力囊腫的效果。5、達那唑。該藥物主要適用于輕、中度痛經明顯的患者，可以抑制病情發展，但可能會造成肝功能損害。6、孕三烯酮。該藥物與達那唑療效相近，但不良反應較小，對肝功能影響較小且可逆，并且用藥量少、方便。
如果經藥物治療后癥狀不緩解，或者巧克力囊腫過大，患者還需要考慮手術治療。因此，巧克力囊腫患者選擇藥物治療方案應在醫生指導下進行，根據個人情況選擇適合自己的藥物，不建議隨意使用藥物。同時手術治療應當在醫生指導下進行，選擇適合的手術方式。
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