舌頭起小泡疼痛的治療方法如下：

1. 消炎藥物：可使用復方硼砂溶液進行含漱，可起到消炎作用。還可以應用曲安奈德口腔軟膏等藥物涂抹于患處，有助于潰瘍面愈合。
2. 維生素類藥物：可口服維生素B、維生素C、維生素E等，能夠促進表皮細胞生長，有利于潰瘍恢復。
3. 抗厭氧菌藥物：如果有細菌進入潰瘍面，與體內的白細胞、舌體黏膜、肌肉組織的細胞產生反應，導致舌頭長泡，一般伴有疼痛的表現。此時，可應用注射用頭孢孟多酯鈉、頭孢丙烯、頭孢地尼等藥物，再配以甲硝唑、替硝唑等藥物進行抗厭氧菌治療。
4. 針對舌乳頭增生：如果是由于猩紅熱或局部牙齒殘根、殘冠刺激，可以引起舌乳頭增生，使舌乳頭腫大、突起、發紅，伴隨疼痛出現類似水泡的表現。如果是猩紅熱患者，需要進行隔離，急性期可以臥床休息，應用羅紅霉素、阿莫西林等進行治療。如果是牙齒殘根、殘冠刺激，可以去除或修補殘根、殘冠，解除刺激。
5. 針對舌下腺囊腫：舌下腺分泌液外滲或潴留形成囊性腫物，臨床表現為舌下區或下頜下區出現淺藍紫色、透明狀的無痛性腫物，類似于水泡。如果出現疼痛，建議及時進行囊腫摘除術，配合使用布洛芬、甲硝唑等藥物進行治療。

除了以上治療方法外，患者在患病期間需要保持口腔衛生，養成漱口的習慣，早晚認真刷牙。注意飲食，不吃油膩、辛辣的食物。同時避免刺激性食物和飲料，如酸辣、燙食等。如果舌頭上的泡持續不減或者變大，建議及時就醫。