對于裝有心臟起搏器的患者，應絕對禁止進行核磁檢查；眼球裝有金屬異物的患者，也屬于核磁檢查的絕對禁忌者；動脈瘤手術后有金屬血管夾的患者，以及體內有胰島素泵或是安有神經刺激器的患者，也是絕對不允許進行核磁檢查的；核磁的安全注意事項主要就是體內有金屬植入物，包括手術夾、鋼針，以及非肽類的金屬假肢、金屬關節，體內的彈片和磁性材料的冠脈支架等，均應盡量避免進行核磁檢查；外傷患者在進行核磁檢查之前應該明確體內有無金屬異物；妊娠3月內患者也不宜接受核磁檢查；危重病人由于監護儀器不能進入到磁體間，所以要等病情穩定后再進行核磁檢查；還有嚴重幽閉恐懼癥患者，在進到狹小空間后會非常恐懼、害怕，這類患者也應盡量避免進行核磁檢查；另外，對于體溫在38.5°C以上的患者，要等體溫降至正常后，再進行核磁檢查。