磁共振增強掃描所用造影劑被公認為是毒性低，副作用小，使用安全的造影劑。但極少數患者由于特異體質或各種事先不能預知的原因也有發生過敏，或對原有腎功能不全患者加重腎臟損害等副作用。 根據文獻報道，MRI增強劑的副作用發生率為1.5%-2.5%，多數表現為頭暈，一過性頭疼、惡心、嘔吐、皮疹。嚴重不良反應的發生率極低，約為百萬分之一到百萬分之二，比日常生活中發生車禍的幾率要低很多。可表現為呼吸困難、血壓降低、支氣管哮喘、肺水腫。另外，MRI增強掃描由于注射器具有較高的壓力，當患者血管較細和脆弱時，可出現造影劑向外滲入血管周圍組織間隙，引起疼痛等不適。