由于兒童卵黃囊瘤是高度惡性的腫瘤，其治療效果、預后效果由多種因素決定。惡性腫瘤通常需要進行手術切除，如果外科醫生可以完整將腫塊切除，術后病理提示為卵黃囊瘤，術后通常需要給予4-6個療程的化療，建議給予鉑類化療藥物。經過規范的治療，這部分兒童的預后非常好，這是對于沒有遠處轉移的兒童，長期生存可以達到90%以上。如果在診斷時已經發生遠處轉移，或者由于腫瘤影響，腫塊侵襲到椎管內，導致不能走路、肢體癱瘓、大小便失禁等，此時外科醫生很難完全將腫瘤切除，即使給予化療，部分腫瘤由于發生耐藥，預后會大打折扣。此種情況通常會在手術化療以后，少部分兒童會給予局部的放療，目的是改善預后，這部分兒童的長期生存率可能會降低到40%或50％。但這是群體的數據，具體到每個兒童的生存情況，與腫瘤切除是否干凈、是否接受化療以及必要時的放療，另外對于化療是否敏感等因素有關。