兒童卵黃囊瘤對化療較為敏感，即使患者有轉移也能夠治療。轉移分為局部轉移和遠處轉移，發生卵巢的卵黃囊瘤，如果術中或者術前破裂，就可以發生腹腔內的種植，然后再通過血運或淋巴的關系轉移到遠處。發生在睪丸的卵黃囊瘤，隨著精索的扭轉，腫瘤也可以沿著腹股溝淋巴結轉移。對于已經有轉移的卵黃囊瘤，患者在明確診斷之后，可以用影像學的檢測方法判斷是局部轉移，還是遠處轉移。確定轉移之后應給予患者新輔助化療，也就是將遠處的轉移灶清除干凈，將近處周圍局部的轉移盡量縮小，大面積的使腫瘤細胞減少，這時再進行手術。手術切除同側卵巢以及附件，如果發生在睪丸，則進行睪丸以精索附件的同時切除，切除干凈之后再進行術后的化療，術后化療要有一定的療程及強度。患者經過MDT治療(多學科綜合診治)，加上嚴密的隨訪，局部轉移的患者可能還有80%-90%的幾率能夠長期治愈。即便是遠處轉移，也可以有65%-80%的患者能夠得到治愈。