早上起來嘴苦、口臭可能與口腔本身的病變有關系，也可能與口腔相連的呼吸道、消化道的病變有關系，也有可能是全身的系統性病變在口腔局部的反應，具體如下：1、口腔本身病變：比如有過多的食物殘渣貯留，沒有好好刷牙，慢性的牙齦炎、牙周的病變，均可能會導致口腔內細菌的滋生，導致口腔內的味道比較明顯，出現嘴苦、口臭。長期吸煙的人也會導致口腔明顯的異味；2、呼吸系統病變：口腔與呼吸道相通，部分呼吸道的疾病，比如慢性支氣管炎俗稱老慢支、支氣管擴張癥，總是咳嗽、咳痰，均會導致晨起有嘴苦、口臭的問題；3、消化系統病變：口腔與消化道也相通，部分消化系統的病變，常見的比如慢性胃炎、消化不良，會導致口腔當中出現明顯的口氣增加，特別是伴有幽門螺桿菌感染的病人，可能口苦、口臭會比較明顯。