造血干細胞移植的早期并發癥會出現出血、感染、面色蒼白、乏力、頭暈，同時造血干細胞移植會出現移植物的抗宿主病，稱為GVHD。在早期100天內會出現急性GVHD，急性移植物抗宿主病會有皮膚皮疹、皮膚變黑、胃腸道腹瀉，甚至出現肝臟指標升高、肝功損害，均是造血干細胞移植的早期并發癥。 造血干細胞移植是骨髓干細胞整體更換的一種治療方式，通過正常供者的骨髓干細胞整個移植到患者體內，把患者病態的骨髓干細胞全部更換，達到治愈急性白血病、多發性骨髓瘤、甚至淋巴瘤等惡性血液系統疾病的目的。因為造血干細胞移植早期要用預處理化療方案會造成白細胞減低、紅細胞減低、血紅蛋白下降，甚至血小板減少。