無痛腸鏡和胃鏡可以一起檢查，目前既有無痛胃腸鏡聯合檢查，也有單獨的胃鏡、腸鏡，以及單獨的無痛腸鏡、無痛胃鏡檢查。部分患者對于無痛使用全身麻醉有一定顧慮，能夠耐受普通胃鏡，但不能耐受普通腸鏡。因此選擇無痛腸鏡，在做胃鏡時不給麻醉藥，開始準備做腸鏡時才會經過靜脈給麻醉藥。普通胃鏡、普通腸鏡、無痛腸鏡、無痛胃鏡可以相互組合，分段進行使用麻醉，主要是看患者自身的體驗。無痛內鏡的發明和使用，主要是為了提升患者的自身感受，改善患者的不良耐受度，因此無痛腸鏡和胃鏡可以一起檢查，不會影響檢查的結果和過程。在無痛的情況下，患者的依從度高，不會因為緊張導致胃腸道痙攣，影響進鏡檢查的過程，因此不反做任何選擇。