無痛腸鏡指在麻醉狀態下進行腸鏡的檢查，包括無痛麻醉及腸鏡。進行無痛麻醉時通常會使用靜脈麻醉，麻醉師先進行靜脈注射并預留靜脈的通道，完善腸道準備。當患者進入手術后，麻醉師會通過靜脈通道給藥，通常會應用丙泊酚類的麻醉藥物并搭配止疼藥物，病人即可較快進入睡眠狀態，在此狀態下醫生再進行腸鏡的操作。無痛腸鏡的檢查及操作與普通腸鏡相同，腸鏡會從肛門進入患者的結腸，再完整進入小腸的末端即回盲部，以觀察結腸的情況。而在進鏡及退鏡時，醫生會仔細觀察升結腸、橫結腸、降結腸、乙狀結腸及直腸是否出現病變。當檢查結束后，麻醉師通常不再給予靜脈麻醉藥物。因為藥物代謝較快，所以停止用藥后數分鐘內患者即可清醒，完成無痛腸鏡的檢查。