做腸鏡一般沒有后遺癥，腸鏡是一個較安全的檢查，雖然要插管子，還要經過直腸、肛門，插入腸道，有時候還要看小腸，但整個過程比較安全。偶爾可能千分之幾的概率，甚至萬分之幾的概率會有穿孔。出現穿孔可能會有后遺癥，要及時在胃鏡下或者通過外科手術進行處理，及時修補，可能也不會有嚴重的問題。如果出現嚴重的并發癥，需要手術治療，有時會有肚子疼或者拉肚子等后遺癥。腸鏡檢查底下要充氣，可能對于腸道蠕動功能或者排氣功能等較差的人，可能在腸鏡檢查幾天內，一直會有痙攣性或者脹氣的疼，都是正常的現象，一般很快能緩解。如果長時間不緩解，要注意有無其他的問題，可能需要去檢查。