患者尿液發黑的主要原因如下：1、生理性原因：飲食中攝入含深色素，尤其褐色、黑色或紫色食物，色素進入人體血液循環，通過代謝到達腎臟，再由腎臟代謝到膀胱，最后經由尿液排出體外，則可呈現尿液發黑；2、病理性原因：常見為血尿，當尿液顏色較深或發黑時，預示出血量相對較大。通過尿常規檢查可以判斷患者是否有血尿，若尿常規中紅細胞水平超標，則確認為血尿。通常出血部位常見于腎臟、輸尿管、膀胱及尿道，產生原因主要包括上述部位結石、炎癥或腫瘤性疾病，還需通過尿常規中白細胞判斷是否具有感染、炎癥等現象。此外，根據CT、B超等影像學檢查，判斷泌尿系統是否存在結石或腫瘤。