扁桃體發炎需要服用的抗生素多數是青霉素類抗生素，比如阿莫西林或者阿莫西林克拉維酸鉀，或者頭孢菌素類抗生素，效果都比較好。多數扁桃體發炎的致病菌是溶血性鏈球菌、金黃色葡萄球菌、流感桿菌，這些致病菌對于青霉素類和頭孢菌素類抗生素比較敏感。扁桃體發炎不嚴重的情況下，通常口服抗生素3-5天后，如果咽痛能夠緩解，建議繼續維持治療2-3天再停藥，以免扁桃體中的細菌沒有被徹底殺死。如果出現抵抗力下降、受涼，扁桃體炎又會再次發作，如果扁桃體反復發炎，每年發炎超過3-4次，此時應該考慮手術。可以手術切除反復發炎的扁桃體，因為此時的扁桃體已經沒有防御作用，雖然是免疫系統的一部分，但是反復發炎的扁桃體已經成為病灶性扁桃體，可能會引起身體其他重大器官的疾病，沒有保留必要。