扁桃體發炎首選的消炎藥是青霉素類或頭孢類抗生素，因為急性扁桃體炎，最常見的致病菌是乙型溶血性鏈球菌，它對青霉素類和頭孢類抗生素比較敏感。但如果患者對青霉素類或頭孢類藥物過敏，成人患者建議使用喹諾酮類抗生素，即沙星類抗生素。兒童患者對青霉素和頭孢過敏，不能使用喹諾酮類抗生素，建議使用阿奇霉素等紅霉素類抗生素，對扁桃體炎有明顯的治療效果。急性扁桃體炎，患者要盡早使用抗生素，如果出現扁桃體周膿腫，患者還應全身使用糖皮質激素進行治療。扁桃體炎反復發作，建議進行手術，切除雙側的扁桃體。