實際上臨床并沒有巧克力囊腫良惡性之分的說法，巧克力囊腫特指就是良性，惡變后稱作卵巢癌。巧克力囊腫有一定的惡變幾率，在惡變以后囊腫會長出乳頭樣的東西，變成囊實性，CA12-5可能會明顯升高，這時要考慮是不是巧克力囊腫惡變。巧克力囊腫臨床上惡變通常見于兩種類型，一種是透明細胞癌，相對惡性程度高一些，還有一種是子宮內膜樣癌，也是比較常見的類型。巧克力囊腫臨床主張一旦發現建議積極治療，因為長時間不管囊腫確實有一定的惡變幾率。有統計表明有巧克力囊腫的比沒有巧克力囊腫的人，卵巢癌的發病幾率要高到9倍，所以巧克力囊腫一旦發現，只要明確診斷建議盡量手術，可以選擇腹腔鏡手術，如果是反復復發的還可以開腹手術，術后可以用藥預防復發。總之盡量給予處理，不要讓它緩慢發展，將來發展成癌癥的可能性比較高。