判斷卵巢囊腫良惡性，需切下囊腫在顯微鏡下觀察，細胞沒有惡變為良性囊腫，細胞惡變則為惡性囊腫。但事實上并非所有卵巢囊腫患者均需通過手術判斷囊腫性質，首先判斷患者年齡、引起囊腫的原因是否和雌孕激素的水平有關。 功能性囊腫不需要做手術，如果經過持續復查，囊腫并沒有縮小，并且伴腫瘤標志物的上升，再根據癥狀判斷為功能性囊腫還是贅生性囊腫。如果為贅生的囊腫，即病理性囊腫，要考慮與內分泌有無關系。如子宮內膜異位囊腫，即子宮內膜異位癥，根據程度不同做出不同處理。如果為腫瘤，如良性腫瘤、惡性腫瘤，均要積極手術治療。具體要看患者年齡或者腫瘤良惡性，做出綜合判斷。如果為生過孩子后的婦女，或者接近更年期的老年婦女，應積極手術。如果為青春期或者育齡期婦女，良性或者生理性囊腫可能性大，需要觀察一段時間。