對于子宮內膜異位癥的原因，有很多的學說，但現在大家都認可的學說是經血逆流學說，即來的月經血。因為月經血可以往下從陰道流出來，但也可以往上走是輸卵管，而懷孕不就是精子到輸卵管里和卵子見面，所以通路通暢，可以順著輸卵管到達盆腹腔，因為盆腔為最低站，即盆腔最低點。可能經常有B超檢查到盆腔積液，有可能是月經血的回流，尤其是月經后幾天去做，子宮內膜細胞與月經血到達盆腔、腹膜表面，有時會在卵巢表面長出來子宮內膜異位的病灶，所以認為是這種原因，還有些免疫缺陷或其他機理。但公認且比較常用的還是這個學說，而且還有一般能見到有些女性有處女膜閉鎖或陰道閉鎖，也經常容易發生比較嚴重的子宮內膜異位癥。也是指經血因為不能順利流出，只能留在肚子里，反而造成比較嚴重的子宮內膜異位癥，也進一步證實子宮內膜異位癥經血逆流學說，是比較認可的學說。