脊髓空洞癥疾病發展的快慢有較大不同，所以到后期癥狀也存在較大的差別。常見的疾病晚期可以有膀胱、直腸功能障礙，出現便秘，或者排尿困難等。脊柱側凸、后凸的畸形，脊柱裂、弓形足也屬于常見情況。如果有延髓空洞的癥狀，往往可以出現吞咽困難，說話時語言不連貫。但是因為延髓空洞較少單獨發生，常為脊髓空洞癥的延伸，所以空洞常常不對稱，故癥狀和體征常為單側情況。 如果累及到軟腭和咽喉肌無力，懸雍垂出現偏斜，可導致聲帶麻痹、構音困難、舌下神經核受累，可引起同側舌肌萎縮和肌束震顫，伸舌偏向于患側。若三叉神經下行根受累，則出現同側面部的感覺呈中樞性痛溫覺障礙；侵及內側弓狀纖維則出現半身的觸覺、深感覺缺失；前庭小腦通路受損可出現眩暈、眼球震顫、步態不穩；累及面部神經核，可以出現同側的周圍性面癱。 如果有些空洞面積較大，甚至在手術后出現問題，病人可以出現癱瘓、無法行走。所以脊髓空洞癥的晚期癥狀要根據不同的患者判斷，有些病人一直到病情后期，病情發展也不嚴重；有些人在病情較嚴重時期，早期受累的較多，病情就可以嚴重，甚至逐步進展。因此，與治療和出現的病情變化、病情嚴重程度均具有相關性。