代謝性腦病治療主要有兩個原則，即積極治療原發性疾病，以及對癥治療腦病相應癥狀。代謝性腦病是肝臟或者腎臟，甚至是腺體，甲狀腺功能出現異常之后，引起神經系統表現，比如肝性腦病，如果患者有肝硬化導致血氨過度堆積，出現腦病，首先應該治療原發病，要把肝硬化肝功異常導致血氨升高的代謝廢物血氨從腦子里清除。 腎性腦病是腎臟對體內代謝的廢物，清除能力比較少，這種情況對腦子影響比較大，可能會出現比較頑固的腎性癲癇。這種情況下，除了對癥治療癲癇之外，需要積極治療原發病，也就是進行床旁血濾，把血內代謝廢物清除。肺性腦病，如果為慢性阻塞性肺病患者，長期二氧化碳潴留以后也會出現代謝性腦病，可以表現為患者嗜睡、意識降低等。此種情況出現后，要適當通過呼吸機輔助呼吸，改善患者通氣功能。甲狀腺功能異常出現的橋本氏腦病，橋本氏腦病可以用激素治療，同時積極治療原發病糾正甲亢或者甲狀腺炎，從而改善腦病相應癥狀。