目前沒有依據可以證實，維生素B2可以治療潰瘍性結腸炎。潰瘍性結腸炎的患者，主要治療是依靠美沙拉嗪，或美沙拉嗪的局部灌腸栓劑治療。當潰瘍性結腸炎較嚴重發作時，考慮的是糖皮質激素。再嚴重的情況，目前有較先進的生物制劑進行治療。由于潰瘍性結腸炎是慢性的腸道炎癥性疾病，常伴有維生素缺乏。較多患者在治療過程中，自行限制飲食，故可有B族維生素缺乏的情況。部分患者在醫生指導下，補充多種維生素，主要是治療潰瘍性結腸炎營養素缺乏問題。而單個維生素B2的藥物，沒有依據可達到治療潰瘍性結腸炎的目的。此外潰瘍性結腸炎的患者補充維生素D，近年認為對于維持緩解、減少復發潰瘍性結腸炎具有意義。