HPV目前為止還沒有特別有效的能夠完全控制和抑制病毒的藥物，臨床上常用的治療HPV的方法有幾種，一個是干擾素，常常使用干擾素的陰道凝膠或者陰道栓劑來進行治療。如果女性還有正常的月經，只要在月經期不用藥，在月經后再恢復用藥就可以了。 但是我們即使是使用了干擾素凝膠，仍然不能保證HPV病毒被完全的清除，所以一定要進行HPV病毒的追蹤隨訪。如果持續的HPV病毒感染，一定要定期的進行宮頸細胞學的檢查或者進行陰道鏡下的活檢，進行病理切片來排除宮頸癌和癌前病變的發生。再有就是對于HPV病毒的治療，還有生物蛋白凝膠以及光動力治療的方法，不管哪一種方法，目前都沒有能達到有效的控制HPV病毒感染和持續感染的機會。