衣原體和支原體都屬于致病微生物，廣泛存在于自然界，但是有不同。致病微生物中細菌和病毒最常見，衣原體和支原體是介于細菌和病毒之間病原微生物。 很早以前認為衣原體是病毒，后來發現衣原體有細胞壁，所以特點和細菌類似，對抗生素敏感，最耳熟能詳的是沙眼衣原體，它引起各種眼部疾病，如沙眼、結膜炎、鸚鵡熱。 最近發現肺炎衣原體，引起很多上呼吸道、下呼吸道以及心血管方面疾病。 支原體和衣原體有區別，肺炎支原體以及另外幾種支原體同樣可引起呼吸道以及泌尿生殖道一系列疾病。支原體除肺炎支原體外，還有解脲支原體，是生殖系統疾病致病原。