支原體、衣原體是兩種介于細菌和病毒之間的微生物。支原體是現已知最小的細胞外的微生物，衣原體則是寄生在細胞內的原核生物。這兩類病原體特別容易侵犯女性的生殖系統，所以在女性的生殖系統感染中，扮演著重要的角色。在男性中，可能會突然造成尿道炎和前列腺炎的表現。尿道炎典型的癥狀就是尿頻、尿急、尿痛，以及尿道外口可以看到有分泌物，在做分泌物病原體檢測時可以檢出支原體、衣原體。而前列腺炎的表現、臨床癥狀，與一般細菌導致的有菌前列腺炎，或者無菌前列腺炎，癥狀上沒有本質的區別。只是在做精液或前列腺液培養時，可能會發現支原體、衣原體的存在。在治療上通常推薦大環內酯類如阿奇霉素，或者美滿霉素進行治療，療程比一般的細菌感染略長，大致是4-6周。根據癥狀好轉的程度，判斷、調整療程的長短。