不同的非結核分枝桿菌主要侵犯肺部，不同的菌種好發部位不同，臨床表現也不相同： 1、非結核分枝桿菌肺病，病變多累及肺上葉尖段或前段，以中老年男性多見，臨床表現類似肺結核病、咯血。患者常有慢性阻塞性肺疾病，支氣管擴張或其它慢性肺部疾病。胸片顯示炎性病灶及單發和多發薄壁空洞、纖維硬結灶、球形病灶、及胸膜滲出相對少見，病變多累及肺上葉尖段或前段； 2、非結核分枝桿菌淋巴結炎，以頸部淋巴結最常見，亦可累及耳部、腹股溝、腋下淋巴結。多為單側無痛性淋巴結腫大，常有瘺管形成； 3、非結核分枝桿菌皮膚軟組織病變，骨膜、滑膜、腱鞘、關節、手深部和腰椎也可受累形成病變，甚至產生化膿性關節炎。 4、非結核分枝桿菌病可侵犯身體任何一個內臟器官，多見于AIDS和其它原因的嚴重免疫抑制患者。臨床表現為播散性骨病、肝病、心內膜炎、心包炎和腦膜炎、泌尿生殖系統疾病、中耳炎等。