非結核分枝桿菌肺病的臨床診斷主要依據以下幾點： 1、臨床表現，如咳嗽、咳痰、咳血、低熱、消瘦和乏力等，亦可無明顯的癥狀，但僅有咳嗽、咳痰、高熱、畏寒、胸痛、類似肺部急性感染； 2、肺部的影像學改變，如CT檢查發現病變； 3、病原學檢查，在排除其它疾病，確保標本無外源性污染的前提下，符合以下條件之一者，并結合放射影像學和臨床作出NTM肺病的診斷，第一，痰NTM培養3次均為同一致病菌；第二，痰NTM培養2次均為同一致病菌，一次抗酸桿菌涂片陽性；第三，支氣管肺泡灌洗液NTM培養一次陽性；第四，肺泡灌洗液涂片陽性度兩個+以上；第五，支氣管肺組織活檢物NTM培養陽性；第六，肺活檢見與NTM改變相似的肉芽腫、痰或支氣管肺泡灌洗液NTM培養陽性。 肺外NTM病，具有局部和全身癥狀，經相關檢查發現有肺外組織、器官病變，已排除其它疾病。在確保標本無外源性污染的前提下，病變部位組織NTM培養陽性，即可作為肺外NTM病的診斷。