真菌孢子是真菌在自然界的繁殖形式，不同的真菌都有其特有的孢子，其形狀大小各不相同，分為無性孢子和有性孢子兩類。孢子是由特化的菌絲產生，是真菌的生殖結構，在顯微鏡下呈圓形或橢圓形，有的呈藕節狀，刮取的皮膚標本經10%的氫氧化鉀溶解角質層，通過顯微鏡直接觀察菌絲和孢子，依據顯微鏡下的孢子和菌絲的形態，可以初步判定真菌的種類。 真菌孢子也可通過革蘭氏染色、姬姆薩或是瑞氏染色后直接鏡檢。顯微鏡下有的孢子像一節蓮藕、有的像幾粒佛珠、有的卵圓形、有的橢圓形拋開其致病性存在一定的美感，但是其一旦成為人體感染菌，是比較頑固的，需要經正規的治療，癥狀消失后還要鞏固一段時間方可停藥。