胃間質瘤總治療原則為以外科手術治療為主，部分患者需輔助靶向治療。治療方式需根據腫瘤部位、腫瘤大小進行研判，腫瘤較小時，如腫瘤＜2cm，大部分采取內鏡下切除手術，可達到治愈效果。而腫瘤＞2cm可能會采取內鏡和腹腔鏡聯合切除手術，此時可能需進行一部分胃壁切除手術，若腫瘤＞5cm可能惡性行為較明顯。 根據最后切除的病理診斷、核分裂象會對間質瘤進行研判，可分為低、中、高危險度。中、高危險度患者會輔助于靶向治療，靶向治療時間目前為3年，部分患者可延長到5年。