胃間質瘤整體治療效果較好，總體治愈率在50%-70%。治療后是否復發取決于腫瘤危險度。間質瘤手術后病理學診斷會進行風險評估，分為高危險度、中危險度和低危險度。 高危險度和中危險度間質瘤除手術治療外，還需配合靶向治療，以前靶向治療時間為1年，目前公認治療時間為3年，部分患者可能建議5年。此周期會存在部分患者發生耐藥，當患者發生耐藥時可能會出現腫瘤復發轉移。 但間質瘤出現復發轉移并不意味治療失敗，因目前間質瘤復發轉移仍可通過手術、二線或三線靶向治療藥物控制腫瘤發展，延長患者生存時間。總之胃間質瘤治療好于胃癌治療。