莫西沙星不適合治療尿路感染，因為莫西沙星雖然是喹諾酮類抗生素，且是四代喹諾酮類的抗生素，但代謝過程是雙通道的代謝，更多的代謝是在肝臟中進行，所以導致在腎臟、尿液中的莫西沙星濃度相對較低。因此莫西沙星的說明書適應癥中，也沒有將泌尿系感染寫入其中，更多的是治肺部感染、上呼吸道感染或用于抗結核的治療等。喹諾酮類抗生素在泌尿系感染中有非常重要的地位，最典型的是左氧氟沙星。左氧氟沙星不僅對泌尿系感染中常見的革蘭氏陰性細菌，比如大腸埃希菌，具有很好的殺滅效果，且在尿液中具有很高的濃度。因為左氧氟沙星是經腎臟代謝，使其在尿液中的濃度10倍于血液中的濃度。因此在出現尿路感染后，首選左氧氟沙星。