絕大部分手足口病患兒都可以得到治愈，但是個別患兒在早期由于病毒入侵到中樞神經系統，造成腦干腦炎，會出現一系列并發癥，比如神經性肺氣腫、心肺衰竭等，會有生命危險甚至死亡，這些往往發生在5天內，所以手足口病患兒前5天需要警惕有無驚抖、四肢不明原因顫動、眼球不明原因震顫、意識改變等，這些是手足口病早期危險的信號。 5天之后一般不容易再出現重癥跡象，但是個別患者會出現病毒侵犯到中樞神經系統，危及生命的情況。手足口病前面5天是較危險的，如果后面仍然有癥狀，仍需要警惕，有病情加重的跡象也不可掉以輕心。如果5天后體溫已經恢復正常，沒有出現驚抖等癥狀，則不需要過度恐慌。