通常手足口病的發燒時間因人而異，通常為3-5天，不會超過1周。由于手足口病為病毒感染所致，主要為腸道病毒感染，如柯薩奇病毒、腸道EV71病毒感染，在臨床上比較多見。而病毒感染通常為自限性的過程，所以3-5天能夠得到好轉，也無需應用特殊的抗病毒治療。但是如果孩子存在以下幾種情況，可能導致病程延長：1、如果孩子＜3歲，尤其是腸道EV71病毒感染，通常病變較為嚴重，可能引起重型手足口病。所以可能累及孩子肺部，影響呼吸，引起呼吸衰竭，或者累及中樞神經系統，導致病程延長；2、如果在病毒感染的基礎上，合并細菌感染，也可能使孩子病程遷延不愈。