尿道下裂發生是諸多因素共同作用的結果，胚胎性別分化發育過程中出現內分泌缺陷和混亂及其它多種原因，導致尿道溝融合不全，而停留于不同的發育階段，因此發生不同類型尿道下裂。但到目前為止，具體發病機制仍不明確，目前已證實的原因包括雄激素受體異常、遺傳、基因突變、內分泌失調、異常細胞間信息傳遞、表皮生長因子表達降低和環境因素等。 近20余年，尿道下裂發病率顯著上升，可能與環境中廣泛存在的雌激素和抗雄激素類物質污染有關。尿道下裂存在一定遺傳性，臨床發現約有20%-25%的尿道下裂患兒，具有家族遺傳類似疾病史。另外，孕期服用避孕藥物、早產、低體重出生患兒，也屬于高風險因素。因此對于孕期保胎、孕期服用藥物等，需引起謹慎，盡量咨詢專科醫生。