男孩尿道下裂發生為多種原因共同作用的結果，可能在胚胎性別發育過程中有內分泌缺陷、紊亂或者其它各種原因，使尿道溝從根部到頭部的融合發生停滯。隨后形成不同類型的尿道下裂，目前證實原因可能有雄激素受體異常、遺傳基因突變、內分泌失調，及細胞間信息傳遞、表皮生長因子表達降低或環境因素。 目前尿道下裂發病率顯著上升，可能與環境中廣泛存在雌激素或抗雄激素物質污染有關。環境污染使正常激素發生改變而產生畸形，在尿道下裂過程中染色體畸變。性染色體異常、常染色體異常均有可能會導致尿道下裂，且尿道下裂與遺傳相關。有20%-25%的病例明確有家族遺傳史，且患尿道下裂可能性比正常人高10倍左右。此外，出生體重較低也為尿道下裂的高風險因素。