小腸潰瘍可見于多種疾病，病因比較復雜，除了感染性疾病以外，炎癥性腸病、克羅恩病、缺血性疾病、藥物以及淋巴瘤、自身免疫性疾病都可以導致小腸潰瘍，所以需要鑒別病因，再進行治療，治療相對比較困難。小腸潰瘍治療比較復雜，患者應該積極配合醫生進行各項檢查。對于存在明顯癥狀，甚至出現并發癥的小腸潰瘍患者，需要長期服用特殊的藥物，如5-氨基水楊酸、免疫抑制劑等。 在長期治療過程中，可能需要反復進行小腸鏡、結腸鏡等檢查，所以要求患者遵從醫囑。患者出現并發癥時需要進行手術，比如由于潰瘍造成的梗阻或者穿孔，需要手術治療。對于單發，以及沒有癥狀的小腸潰瘍，可能無需特殊藥物治療，間斷復查小腸潰瘍即可，某些小腸潰瘍有自愈傾向。