早期腎結核主張藥物治療，目前對于早期腎結核的定義是尿液中有抗酸桿菌，但是腎盂腎盞并沒有明顯變化或者僅1-2個腎盞有破壞性變化。對于早期腎結核的治療，藥物治療包括利福平、雷米封、吡嗪酰胺和鏈霉素等殺菌藥物，都是一線治療用藥，此外還包括乙胺丁醇等二線用藥，用藥的要求是足劑量、足療程，目前治療失敗的病例大多數都是因為治療的不夠徹底。在治療期間，需要注意到藥物的肝毒性，要予以保肝的藥物，如果是應用鏈霉素，鏈霉素的副作用也會出現聽力損害，如果出現聽力下降，建議及時停藥，轉換其他藥物。藥物通常是3種或者3種以上的聯合應用，每個月進行尿中找抗酸桿菌的檢測，如果連續半年沒有發現抗酸桿菌，通常認為是穩定的陰轉，如果連續5年以上則考慮是臨床治愈。