海綿腎和正常腎的主要區別是在形態學的改變上，形態學主要是海綿腎的腎小管和集合管會有擴張，擴張的里面會形成結石，把腎臟切開以后，就能感覺到髓質里面好像長了海綿，這時稱為海綿腎，正常腎不會出現這種情況。另外，海綿腎雖然對腎功能的影響不太大，但是也有可能會影響到病人的腎功能，導致病人出現血尿、蛋白尿，甚至出現腎功能不全的表現，出現血肌酐、尿素氮的升高等，但是往往不是太多見，比較多見的是形態學改變。