海綿腎是遺傳性疾病，無法治療，只能預防其并發癥。因為海綿腎在臨床表現為腎小管擴張，發現的時候腎小管中可能沉積大量的鈣質，在CT上可以發現呈扇形的多發性的腎小結石存在。所以海綿腎的治療主要是多喝水，促進鈣質排出。因為過多的鈣質容易形成很多小的結石，在腎臟沉積，對腎臟的濾過功能是嚴重的影響。海綿腎是一種遺傳性疾病，無法從根本上解決，所以只有多喝水，減少鈣質的攝入，來抑制小結石的形成，才能阻止海綿腎的進展。海綿腎預后一般比較好，可以通過多喝水，減少鈣質的攝入，來阻止海綿性并發癥的發生。但是如果海綿腎合并其他的病變，如腎小球腎炎、腎病綜合征或者腎功能不全，其臨床表現比單純的腎病綜合征、腎小球腎炎或者腎病綜合征都要嚴重。因為本身海綿腎，腎臟的腎小管可能有異常，腎小球也可能有異常，所以只要發現海綿腎的存在，就需要定期復查。