陰莖里邊刺痛最常見于尿道炎。患者發生淋菌性尿道炎或非淋菌性尿道炎時，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，會出現黏膜紅腫、糜爛，出現黏膜水皰、膿皰現象。水皰、膿皰破裂后形成分泌物，排尿時或不排尿時都會出現局部刺痛癥狀，也會出現尿道外口分泌物，部分患者還會出現尿道發癢癥狀。患者出現陰莖里面刺痛癥狀時，需及時到泌尿外科就醫，通過尿道分泌物檢查常常能找到致病微生物，通過選擇有效的抗生素，如阿奇霉素分散片、鹽酸多西環素膠囊、鹽酸米諾環素膠囊、磷霉素氨丁三醇散等藥物，序貫治療4-6周，多數患者陰莖里面刺痛癥狀會明顯好轉。治療期間需消毒內褲，不能同房。