陰莖的刺痛有以下幾方面原因：1、陰莖炎癥：比如包皮龜頭炎，包皮龜頭炎癥的患者，尤其是細菌感染導致的包皮龜頭炎患者會出現疼痛癥狀，患者感覺刺痛，這時可以檢查包皮和龜頭有無異常，如果包皮紅腫，龜頭表面有紅點、紅斑或者大片紅腫，初步判斷是包皮龜頭炎，應該及時到醫院進行檢查和治療；2、陰莖硬結癥：陰莖硬結癥是由性生活過程中性生活動作、姿勢不當造成，陰莖海綿體出現血栓，剛出現血栓時不會摸到硬結，但是會出現明顯的疼痛。如果出現不明原因的陰莖刺痛，應該及時到醫院進行進一步的檢查。